搭乘臺鐵
可搭乘臺鐵至善化站，再轉乘大臺南公車綠2-1或綠11，於「臺南水道博物館」站下車，即可抵達。
亦可搭乘臺鐵至臺南站，轉乘綠幹線至「新化站」，再轉乘綠2-1、綠10或綠11至「臺南水道博物館」站。以上均為博物館官方建議的大眾運輸方式。

臺鐵班次及票價查詢：臺灣鐵路官方網站
公車班次及即時動態：大臺南公車官方網站

搭乘高鐵
搭乘台灣高鐵至高鐵台南站後，可轉乘大臺南公車綠16前往新化，再於新化轉乘綠2-1、綠10或綠11，至「臺南水道博物館」站下車。綠16部分班次行駛高鐵台南站，建議出發前先查詢當日班次。2026年現行班表顯示綠16往返新化、關廟，部分班次延駛高鐵台南站。

另一種方式是由高鐵台南站經連通道前往臺鐵沙崙站，搭區間車至臺南站，再依上述方式搭綠幹線至新化轉車。高鐵官方亦載明高鐵台南站可直接步行轉乘臺鐵沙崙線。台

高鐵資訊：台灣高鐵－台南站資訊
公車即時資訊：大臺南公車官方網站

搭乘大臺南公車
前往博物館最主要的公車路線為綠2-1、綠10及綠11，於「臺南水道博物館」站下車。由臺南市區出發，可先搭綠幹線至新化再轉乘；由善化方向出發，則可搭綠2-1或綠11前往。

路線、時刻及即時到站資訊：大臺南公車官方網站

自行開車
由國道3號北上，可經國道8號新化系統交流道，接臺20線，再接市道178前往；由國道3號南下，可由善化交流道下，接市道178前往博物館。

博物館設有東、西兩側停車場。官方目前公布東側停車場設有小客車及機車停車位，西側則另有大客車、小客車及機慢車停車位；小客車收費每小時30元、大客車每小時50元。

詳細交通資訊：臺南山上花園水道博物館－官方交通資訊